國內的H1N1新流感疫情仍在持續當中，對於11月中即將開打的新流感疫苗，民眾可到醫療機構施打，但是您可知道醫療機構因其設立類型不同，課稅方式也不一樣！
財政部臺灣省南區國稅局表示：
醫療機構一般可分為：診所、公(私)立醫院、醫療財團法人及醫療社團法人。醫療機構設有病房收治病人者為醫院，僅應門診者為診所；另外醫療財團法人係由捐助人捐助一定財產，除經中央主管機關許可外還要向法院辦理登記；而醫療社團法人，則是由社員出資成立，並經中央主管機關許可設立，由於各種設立類型不同，因此產生不同的課稅方式，該局進一步說明如下：
一、診所：
私立診所的所得係以申請設立登記的負責醫師為課稅對象，但如果是屬聯合執業者，則按聯合執業之合約所載盈餘分配比例，核課其執行業務所得，該所得需併入個人綜合所得課稅。
二、公立醫院：
公立醫院屬政府機關，依所得稅法規定，各級政府機關之各種所得免納所得稅；但公辦民營者，須視其委託經營之醫療機構類型課稅。
三、私立醫院：
私立醫院的所得不用申報營利事業所得稅，而是像診所一樣以申請設立登記的負責醫師為課稅對象，屬於聯合執業的，則按聯合執業之合約所載盈餘分配比例核課執行業務所得，但受醫院聘任的醫師，因性質屬於聘僱關係，醫院給醫師之收入則是薪資所得而非執行業務所得。
四、醫療財團法人：
一般常見的「財團法人○○醫院」就屬於醫療財團法人，例如財團法人奇美醫院，該法人屬於所得稅法規定之教育、文化、公益、慈善機關或團體，如符合行政院發布之「教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準」者，就醫療、藥品及病房收入等銷售貨物或勞務之所得課徵所得稅外，其餘像捐贈收入等非銷售貨物或勞務之所得則免納所得稅。
五、醫療社團法人：
醫院名稱冠有「社團法人○○醫院」則屬於醫療社團法人，醫療社團法人與醫療財團法人雖然名稱類似，但是課稅方式就不一樣了，因醫療社團法人係由社員共同出資成立，其結餘款可按出資比例分配予社員，具有營利之性質，應申報營利事業所得稅，其收入不論是醫療收入或是捐款收入都要納入計算繳稅。
該局提醒各醫療機構，若不熟稔稅捐法令規定，可逕向當地稽徵機關洽詢，以免申報錯誤損及自身權益。
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資料來源：財政部臺灣省南區國稅局
